پس از پيروزى مسلمانان بر ايران، يهوديان ايران به قوانين جارى گردن نهادند. آنان در داخل جامعه يهود سازمانى داشتند كه اداره جامعه يهود سرزمينهاى شرقى خلافت را بر عهده داشت و مركز اين جامعه در بابل قديم (بين النهرين) بود. اين سازمان مذهبى و سراسرى، در شرق امپراتورى اسلامى «راش گالوتا» ناميده مىشد و يهوديان موظف بودند علاوه بر پرداخت جزيه به دولت اسلامى به راش گالوتا نيز ماليات بپردازند تا با اين درآمد آكادمى تلمودى «سورا» و «پومپديتا» را نگهدارى و حفظ كنند. يهوديان ايران از نظر آموزش دينى تحت نظر روساى آكادمى پومپديتا بودند و نفوذ روساى اين جمعيت در بين جمعيت يهود ايران بسيار بود. تا قرن ۴ه.ق. اين مركز يگانه مركز علمى آنان بود. اما از قرن ۶ به بعد بتدريج در شهرهاى اصفهان و همدان مراكز تعليم و تحصيل تلمودى به راه انداختند. پايهگذار اين مؤسسات ايرانى، شاموئل بن الى بود. (جودائيكا ج،۳ ص ۳۹) در اثر تلاش خاخامهاى ايرانى اصفهان و همدان، پومپديتا آموزشگاههاى ايرانى را تأييد كردند و ميان آكادمىهاى اصفهان و همدان با آكادمىهاى بينالنهرين مراوده برقرار شد. (همان) در دوره هارونالرشيد و مأمون كه عصر طلايى علم و پيشرفت بود، يهوديان شرق نيز در عرصه علم و دانش فعال شدند، زيرا گسترش بيش از پيش علم و دانش و مداراى مأمون با يهوديان زمينه فعاليت آنان را ايجاد كرد. در ۱۸۵ ه.ق. المجسطى به ترجمه كتاب بطلميوس در ستارهشناسى دست زد. او نخستين كسى بود كه به انكسار نور پى برد. پسر او ابوسهيل الياهو در ۲۳۹- ۲۲۱ ه.ق. در پيشرفت علم پزشكى تاثيرى بسزا نهاد. از دوره متوكل، خليفه عباسى آزار غيرسنيان آغاز شد و شيعيان، مسيحيان و يهوديان تحت فشار قرار گرفتند. آنان از حق كار در ادارات دولتى محروم شدند و فرزندانشان از تحصيل زبان عربى محروم شدند. مسلمانان از آموزش به يهوديان منع شدند و از اقتدار «راش گالوتا» كاسته شد، (لوى، ج،۲ ص۳۶۸) دانشگاه پومپديتا كه قدرتمندترين آكادمى يهودى بود، از رونق افتاد و آكادمى سورا نيز از پيش تضعيف شده بود. سعديا، دانشمند يهودى اهل مصر به بينالنهرين رفت و به مطالعات خاخامها (پيشوايان دينى) جنبه علمى داد. وى اطلاعات وسيعى درباره تلمود، قوائيم و بسيارى از مسائل دينى داشت. تورات را به عربى ترجمه كرد. او تحصيل تورات را بر تلمود ترجيح داد و مباحثه درباره اين دو كتاب دينى يهود را بنا نهاد. مدرسه سورا دوباره رونق گرفت، اما روساى آكادمى پومپديتا با سعديا از در مخالفت درآمدند و از خليفه حكميت خواستند. با اين حكميت او از رياست مدرسه سورا بر كنار شد. اين بركنارى موقت بود و از ۳۲۲ تا ۳۲۶ طول كشيد. طى اين چند سال او دست به تاليف زد و كتاب «سيدور» را كه همه دعاها و نمازها را دربر مىگرفت، تاليف كرد. سفريسيرا (كتاب آفرينش) و رساله معتقدات را به عربى نوشت. بار ديگر او از ۳۲۶ تا ۳۳۱ رياست سورا را بر عهده گرفت. با مرگ او اين مدرسه بار ديگر از رونق افتاد و در ۳۳۷ بكلى تعطيل شد. در ۳۴۹ آكادمى پومپديتا نيز بكلى منحل شد. (لوى، ج،۲صص۳۹۰ - ۳۹۵) از قرن ششم ه.ق ايگرت گائون (Igrret) و شاموئل بن الى آكادمىهايى همانند آكادمى تلمودى بابل در همدان و اصفهان پايه نهادند كه مركز فرهنگى يهوديان ايران آن دوره شدند. گائون بابل شخصى به نام زكريابن باراخل را براى آگاهى از توان علمى شاگردان آكادمىهاى جديد فرستاد. رياست يهوديان با سر شالم (Sar Shalom) و در سمرقند با عباديه هانسى بود. آزمونها نشان دهنده سطح علمى خوب دانشجويان يهودى ايرانى بود و از اين پس بين آكادمىهاى بابل و اصفهان نامههايى به فارسى رد و بدل مىشد .(جودائيكا) از دوره صفويه (قرن ۱۰ به بعد ه.ق.) كه مرزهاى ملى محدود و مشخص شد ارتباط يهوديان ايران با مراكز دينى بغداد و گائونهاى آن منطقه كاملاً قطع شد و اداره جامعه يهوديان ايران مستقل شد و در پى آن يهوديان رياست خاخامى اصفهان را پذيرفتند و اما اين موضوع چندان مورد قبول گائون بغداد نبود. پس از آنكه رهبرى و مركزيت يهوديان بغداد از بين رفت، استقلال فرهنگى درون مرزهاى ايران بيشتر شد و در راس يهوديان ايران ناسى (Nasi) و ملا ديان (dayyan) قرار گرفتند. يهوديان ايران در محلههاى خاص خود زندگى مىكردند كه جدا از محلات مسلمانان و مسيحيان بود. در هر محله كنيسه و مدرسهاى وجود داشت. در زمان نادرشاه كه سياست او بر پايهمداراى مذهبى قرار داشت، وضع فرهنگى يهوديان رونق گرفت. كاشان مركز روحانى و فرهنگى يهوديان شد. از فلسطين خاخامهايى براى آموزش علوم دينى به كاشان وارد شدند. نادرشاه دستور داد تا زبور داوود را به فارسى ترجمه كنند. (۱۰۹۵ ه.ق.) از دوره قاجاريه كه ايران دوره گذار به دوره نوين را آغاز كرد، وضع يهوديان نيز بهبود يافت. اين امر بيشتر تحت فشار فرستادگان اروپايى به دربار ايران بود. ناصرالدين شاه طى فرمانى دستور داد تا مدارس يهودى دوباره تاسيس شوند. تا اين تاريخ تعليم و تربيت يهوديان در «مكتبخانه» يا «خانه ملا» انجام مىگرفت. بسيارى از پسران يهودى در اين مكتبخانه تحصيل مىكردند و در برخى مواقع دختران نيز تحصيل مىكردند. سن آموزش چهار الى سيزده سالگى بود. مكتبها در خانه خاخامها يا در كنيسهها تشكيل مىشد. معلم مكتب «ملا»، «خليفه» و يا «خاخام» ناميده مىشد. در اين دوران نهادى كه ناظر بر تعليم و تربيت باشد وجود نداشت و شخصى كه دوره خود را به پايان مىرساند براى ادامه تحصيل راهى نداشت؛ زيرا هيچ مركزى براى ادامه تحصيل نبود. حقوق معلمان مكتبخانهها از پول پرداختى دانشآموزان تامين مىشد كه بيشتر اوقات غيرنقدى بود. مواد درسى بيشتر شامل آموزش آداب و رسوم دينى، آموزش عبادت و نيايشها مىشد. زبان فارسى حتى متن فارسيهود كه از كتابهاى مقدس اقتباس شده بود، در مواد درسى گنجانده نمىشد. در مكتب زبان عبرى تدريس مىشد و فراگيرى عبرى از روى كتاب مقدس بود. داستانهاى كتاب مقدس از طريق مطالعه يا شنيدن فراگرفته مىشدند و نيز به تاريخ يهود توجهى نمىشد. مبانى دينى را با پشتكار و دقت آموزش مىدادند و فارغالتحصيلان پيروان متدينى بودند (آبراهام كهن، ،۱۹۹۸ ج،۱ صص ۱۱۸- ۱۱۵). از قرن ۱۹ ميلادى تغييرات جديدى در شئون اجتماعى ايران به وقوع پيوست و در ميان يهوديان ايران نيز اين تغييرات شكل گرفت و تعليم و تربيت آنان تغيير كرد و آموزش جديد به وجود آمد.
نخستين گروهى كه به آموزش در ميان يهوديان فعال شدند، ميسيونرهاى مسيحى بودند كه هدفشان گسترش مسيحيت بود. در ۱۲۴۰ ه.ق انجمن لندن به اين منظور مبلغان خود را به ميان يهوديان ايران فرستاد. آنها مدارسى در ايران ساختند كه كودكان يهودى نيز مىتوانستند در آن تحصيل كنند. برنامه درسى آنها آموزش زبان فارسى، انگليسى، زبان عبرى و چند درس غيردينى بود. اين مدرسهها از خانوادههاى مستمند شهريه نمىگرفتند حتى غذا، پوشاك و لوازمالتحرير مجانى نيز مىدادند. دانشآموزان برجسته بورس تحصيل در خارج كشور را دريافت مىكردند. دختران در اين مراكز به آموختن فن يا حرفهاى مشغول مىشدند. اين مدارس در تهران، اصفهان و همدان داير شدند. در سراسر ايران ۵هزار دانشآموز يهودى جذب اين مدارس شدند. دومين گروه كه آموزش يهوديان ايران را به دست گرفت، تشكيلات آليانس بود كه در ۱۲۸۴ ه.ق كوشش خود را در ترقى فكرى و آزادى يهوديان نهاد و به يهوديان تحت فشار در سراسر جهان كمك مىكرد. اين تشكيلات در ايران پس از صدور فرمان ناصرالدين شاه مبنى بر رفع فشار از يهوديان فعال شد و كار رسمى خود را از ۱۳۱۶ ه.ق در ايران شروع كرد. مدارس آليانس از اين سال افتتاح شدند و در شهرهاى همدان، اصفهان، شيراز، كرمانشاه و سنندج كه بيشترين تعداد يهودى را داشتند، تاسيس شدند. در شهرهاى بيجار، گلپايگان، دماوند، كاشان، نهاوند و تويسركان مكتبها به كمك يهوديان به مدرسه جديد تبديل شدند. مدرسههاى آليانس شيوه جديد آموزش را رعايت مىكردند. كلاسها بر اساس سن دانشآموزان مرتب شدند، صندلى داشتند و دانشآموزان بر صندلى مىنشستند. مواد درسى را دانشآموزان بايد حفظ مىكردند. از تخته سياه استفاده مىشد و تنبيه بدنى كه شرط اصلى آموزش در آن دوره بود، در مدارس آليانس وجود نداشت. در دروس اين مدرسه آموزش زبان فرانسه در درجه اول و زبان فارسى در درجه دوم بود. علوم رايج تدريس مىشد و نيز مطالعات مذهبى هم در برنامه درسى بودند. تا پايان دوره قاجار مدارس آليانس به صورت خودمختار عمل مىكردند. از ۱۳۰۳ كه برنامه فرهنگى دولت ايران تحكيم و گسترش مبانى فرهنگ ايرانى بود، برنامهاى واحد و يكسان براى تمامى مدرسهها تهيه شد و نظارت دولت بر مدارس انجام گرفت. اين نظارت مدارس آليانس را نيز دربر گرفت و از ۱۳۱۳ - ۱۳۱۱ش. بتدريج آموزش زبان فرانسه در درجه دوم و آموزش زبان فارسى در درجه اول اهميت قرار گرفت. از ۱۳۱۸ش. برنامههاى درسى اين مدرسهها با برنامه وزارت فرهنگ منطبق شدند و آموزش يكسان در سراسر ايران با سياست ايرانى كردن و فرهنگ يكسان در ايران به وجود آمد. مدرسههاى آليانس نيز تحت برنامه «ايرانى كردن» قرار گرفت. اين تغيير عامل موثرى شد تا يهوديان ايران در كشور خود در مسير زندگى واقعىشان قرار بگيرند. پس از جنگ جهانى دوم در ۱۳۲۲ش. جنبش جوانان صهيونيست با نام هاخلوتص در ايران به وجود آمد و از ۱۳۲۵ش. مدرسههاى اوتصارهتورا (گنج دانش/ تورات) شكل گرفتند. بيشترين هدف اين مدارس آموزشهاى صهيونيستى بود، اما تعاليم اين مدارس جوابگوى يهوديان ايران نبود و با مقاومت آنها روبهرو شد. آنها فرزندانشان را به اين مدارس نمىفرستادند. مدرسههاى كورش و اتفاق با اوتصارهتورا رابطه خود را قطع كردند. مدرسه آليانس از برنامههاى آن اعلام عدم رضايت كرد و اين مدرسهها جنبه بنگاه خيريه پيدا كردند. (آبراهام كهن، ج،۱ صص،۱۲۱ ۱۳۱) دبيرستان كورش در ۱۳۱۰ ش. با همت اسمعيل جى، حاجى عزيزالقانيان و خاخام نعيم براى بهبود وضع فرهنگى كليميان در محله حسن آباد كه ساكنان يهودى آن بيشتر بود، ايجاد شد. (لوى ج،۳ ص۹۶۷) مدارس اتفاق، مجتمع بزرگ ديگرى است كه در ۱۳۲۸ ش. در شرق دانشگاه تهران جنب كنيسه يهوديان احداث شد و اكنون در سه مقطع ابتدايى، راهنمايى و دبيرستان با بيش از ۴۰۰ دانشآموز دختر فعال است. (گزارش مجله افق ،۱۳۷۸صص ۴۸-۴۶) يكى ديگر از مدارس يهوديان ايران مجتمع آموزشى «موسى بن عمران» (ابريشمى) است كه اين مجتمع در خيابان فلسطين در جوار كنيسه اين محل واقع است. ساختمان آن را آقاجان ابريشمى در دهه ۴۰ وقف امور اجتماعى كليميان ايران كرد. مدرسه اين مجتمع تا پيش از انقلاب ملى بود. بعدها به دو بخش راهنمايى و دبستان تقسيم شد. دبستان آن اكنون با نام ۱۵ خرداد فعال است. در اين مجتمع ۱۰۰ دانشآموز ابتدايى، ۱۰۲ دانشآموز راهنمايى و ۶۷ دانشآموز دبيرستانى تحصيل مىكنند. (افشين ناجيان، ،۱۳۷۸ ص ۱۵-۱۴) در سال ۱۳۴۶ از دانشآموزان اين مدارس حدود ۷۰۰ تن به دانشگاهها راه يافتند. ۵۰۰ تن از دانشآموزان يهودى توانستند در اروپا تحصيل كنند. تعدادى دختر به تحصيلات عالى راه يافتند. برخى از ايرانيان يهودى در ادامه تحصيل خود در دانشگاهها به تحصيل ادبيات فارسى پرداختند. اين رشته در ميان يهوديان ايران از استقبال چشمگيرى برخوردار است. در حال حاضر كنيسه و انجمن كليميان ايران آموزش دينى در جامعه يهوديان را پيش مىبرند و كتابهاى دينى «فرهنگ و بينش يهود» از سوى انجمن كليميان تدوين شده است كه اصول شريعت يهود را بدرستى به دانشآموزان مقاطع مختلف تحصيلى تعليم مىدهد. (فرهنگ و بينش يهود در سه جلد، انتشارات انجمن كليميان ۱۳۷۹ ش).